La faisabilité et les étapes du projet sont établies. La taille des systèmes moléculaires et les objectifs réalisables sont discutés avec vous à un stade précoce.
Un devis détaillé est ensuite fourni... à l'échelle atomique !
Il s'agit d'une étape cruciale qui vise à définir des paramètres précis (flexibilité moléculaire, propriétés atomiques, T et p, environnement moléculaire...) afin de reproduire le plus fidèlement possible des conditions expérimentales réalistes .
Les inconvénients éventuels sont discutés avec vous.
Les calculs sont effectués sur nos superordinateurs .
Le temps de simulation dépend de la taille du système moléculaire et de l'échelle de temps des processus chimiques et biologiques étudiés.
Le comportement des assemblages moléculaires est suivi quotidiennement, ce qui permet d'optimiser le temps de simulation et l'exploration ultérieure des données.
Une analyse approfondie des données ( échantillonnage de nombreux événements moléculaires ) permet de démêler votre problématique scientifique à l'échelle atomique .
Montrer les interactions moléculaires et la dynamique moléculaire des molécules étudiées dans leur environnement ;
par exemple, l'insertion de molécules dans les membranes biologiques, les fluctuations moléculaires dans les protéines , la visualisation des sites actifs, le repliement conformationnel et la réorganisation de grosses molécules dans les solvants...).